Pada sistem mesinnya, Yamaha Mio M3 125 CW dibekali tipe mesin 4 Langkah SOHC berpendingin udara kapasitas 125 cc, starter pedal dan elektrik, serta sistem pembakaran fuel injection. Performa sistem ini pun akan hasilkan daya maksimum 7,0 kW / 8000 rpm dan torsi maksimum 9,6 Nm / 5500 rpm. Tak hanya itu, motor matik ini berkapasitas tangki bahan bakar sebesar 4.2 L. Fitur unggulan lainnya adalah Eco Lamp Indicator sebagai teknologi pertama pada motor matik Indonesia yang dukung penerangan cahaya lebih optimal.